三浦梅園資料館は平成１２年１０月にオープンしました。
資料館では豊後聖人とも呼ばれる江戸時代の学者、三浦梅園（1723〜1789）の遺稿を数多く展示し、その生涯や学説を紹介する短編映画(約10分)を上映しています。梅園は、なぜと疑問に思ったことをとことん考えぬき、「玄語」「贅語」「敢語」の梅園三語を漢文であらわして条理学と呼ばれる学問体系を打ち立てた先哲です。
もともと梅園自身が設計し建てた旧宅（国史跡）に保管されてきた自筆稿本類30種212冊及び器物４点（肖像画・天球儀・顕微鏡・落款印）は国から重要文化財の指定を受けており、資料館ではこれらを三浦家からお借りし保管・展示しております。
展示室では重要文化財である肖像画や天球儀、「玄語」等の代表作をガラスケース内に並べ、書き入れのある手沢本類（蔵書）も展示中です。また壁面では、梅園の業績を哲学・科学・政治経済学・教育学・文学および医学の６分野にわけた説明パネルを置き、展示品を解説しています。
30席のシアターでは、その67年の生涯をわかりやすく紹介した短編映画「三浦梅園の旅」や、少年時代からの思索の特徴、および同時代のヨーロッパの学問との比較や梅園研究史についてまとめた番組を、随時上映しております。
また館内の奥、収蔵庫には梅園およびその子孫が収集した2272冊の和漢の古籍や梅園旧宅の襖から取り出した下貼り文書を、同じく特別収蔵庫には展示しきれない国指定の重要文化財や梅園自筆の写本と一族や門人の編著類を収蔵しています（収蔵庫はともに非公開ですが展示替えをおこなっています）。
